什么是伏羲六十四卦序？是由伏羲八卦序重卦而来，伏羲六十四卦可排为圆图、方图和次序图。伏羲先天八卦次序是自然生成序列，其生成次序来源于《系辞》：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦，八卦定吉凶，吉凶成大业。”即太极一分为二，二分为四，四分为八。伏羲先天八卦方位图来源是《说卦》：“天地定位，山泽通气，雷风相薄，水火不相射，八卦相错。”
    伏羲先天六十四卦序有着严格的象数规律，在六十四卦次序图中，卦序与二进制数学有着及其密切的对应关系。伏羲六十四卦圆图是次序图的S型排列，其两侧也呈二进制数理变化（见图四）。图中直接相对着的两卦都是相错（卦爻阴阳相反）之卦，如乾对坤，夬对剥，大有对比，大壮对观，坎对离，泰对否等共有32对。伏羲六十四卦揭示了事物矛盾的渐变过程和对立统一关系，在圆图中最重要的一对卦就是乾坤，位于圆图的上下之位。古人以伏羲六十四卦序反映阴阳二气的周期变化，从而制定了卦气图。由一年卦气来看，冬至一阳复来，夏至一阴姤至，反映一年阴阳二气的消长情况。
    阴阳鱼太极图和六十四卦圆图有什么关系？太极图实际上也是伏羲六十四卦圆图（伏羲八卦圆图）的抽象和概括，它是将乾坤以太极图中的阴阳来代表，左侧乾卦统领的其它的三十一卦（阳多阴少）以阳中含阴来代表，右侧坤卦统领的其它三十一卦（阴多阳少）以阴中含阳来代表。其量变过程则以阴阳鱼的S型曲线表述（参见图四）。
    宋道士陈抟传出伏羲先天六十四卦序和阴阳鱼太极图，朱熹将伏羲六十四卦圆图和次序图刊入《周易本义》之书前（朱熹未曾见到阴阳鱼太极图），对后世影响甚大。伏羲先天图伴随着《周易》哲学十七世纪传入欧洲，对欧洲哲学产生深刻影响，十九世纪德国哲学家来布尼兹受伏羲次序图的启发创立了二进制数学，为计算机的出现和发展奠定了理论基础。黑格尔很佩服中国的《周易》哲学，他在《哲学史讲演录》上赞叹：“《周易》包含着中国人的智慧。”，黑格尔的辩证法思想中阐述了三个基本规律：即对立统一规律、量变质变规律、否定之否定规律。而伏羲卦序圆图几乎就是其对立统一规律、量变质变规律、否定之否定规律的图象化原版。
    在图四的伏羲六十四卦圆图中,由坤经左侧到乾的变化过程就是量变到质变，而坤到乾就是一个否定的过程；再由乾经右侧再返回坤同样也是一个量变到质变的过程，由乾到坤又是一个否定的过程。因此由坤到乾，再由乾到坤完成了否定之否定的全过程。哲学界有人在研究对立统一规律、量变质变规律和否定之否定规律之间的关系，如果站在《周易》阴阳的基础上去研究是不是变得非常简单!
    伏羲卦序揭示了事物阴阳消长相互转化的周期变化规律，偏重于自然哲学；文王卦序则揭示了事物变化阴阳互动平衡和谐的变化规律，偏重于人文哲学。伏羲卦序重于象数，卦序与卦义没有什么关联；而文王卦序重于义理，卦序与卦义有着密切的关联。伏羲卦序重在揭示事物矛盾的相互转化和量变过程，而文王卦序则重点揭示事物矛盾的相互和谐与均衡变化。伏羲卦序和文王卦序都揭示了阴阳矛盾的对立统一关系，但伏羲卦序更加强调的是阴阳矛盾的转化过程（即“斗争”性），而文王卦序更加强调的是阴阳矛盾的和谐互动状态（即“和谐”性）。文王卦序揭示的阴阳矛盾互动致和的规律，可以作为对立统一规律的重要补充。
    帛书卦序与京房卦序
    1973年在湖南长沙出土了帛书《周易》，其卦序与通行本完全不同，它的卦序是典型的八重卦序。依照通行本卦名，帛书上下卦体次序分别是：
    上体：乾、艮、坎、震、坤、兑、离、巽
    下体：乾、坤、艮、兑、坎、离、震、巽
    八经卦的排列揭示事物的对待与和谐关系，其依据是帛书《易之义》：“天地定立（位），[山泽通气]，火水相射，雷风相欂（薄），八卦相厝（错）。”在通行本《说卦》中作：“天地定位，山泽通气，雷风相薄，水火不相射，八卦相错。”
    帛书《周易》卦序的排列是以八卦的次序变化重组而来，而没有通行本卦序“二二相偶，非反即覆”的错综复杂关系，没有《序卦》传，更与通行本卦序义理阐释毫无关联，也没有划分上下二经。由此可以断定，帛书《周易》卦序并不看重卦序的义理贯通。可能帛书《周易》的传承者更加重视其卜筮内涵，由于其依照《易之义》的八卦对待关系排序而来，有其固有的规律性，仍具一定的哲学价值。
    京房卦序是由汉代京房所创立，为八宫重卦序列。汉代盛行卦气纳甲之说，京房在卦气学说的基础上，以消息卦为基础对八卦进行重组，从而创立了京房八宫卦序。其卦序与纳甲组合主要用之于吉凶灾异的推算。